A construção começou quase imediatamente sob os cuidados dos Pais José Manuel de Martiarena e Pedro Martinez. No Natal, devido ao povo indígena amigável e cooperativo, não só foi construída uma igreja de adobe, mas também um celeiro, um quartel, um mosteiro e algumas casas de adobe. Em 1800, havia mais de 500 índios a viver na missão.
Localizada no meio do Vale de San Juan, a missão fica mesmo na falha de San Andreas! Embora a sua localização mesmo sobre a falha fosse menos perigosa do que outros locais, era responsável por muitos dias e noites instáveis. Em Outubro de 1798, o tremor foi tão grave que os missionários dormiram lá fora durante todo o mês. A terra tremeu até 6 vezes num dia, deixando muitas fendas enormes tanto nos edifícios como no solo.
Quando um terramoto causou danos consideráveis em Outubro de 1800, os padres aproveitaram a oportunidade para ampliar a igreja, e acrescentar algumas instalações enquanto faziam as reparações necessárias. A população indiana continuou a aumentar e em 1803 foram feitos planos extensivos para a construção de outra igreja. Os trabalhos de construção foram precedidos por uma elaborada cerimónia para a qual foram convidadas pessoas de toda a província. Durante a dedicação, uma história do evento foi selada numa garrafa e colocada dentro da pedra angular. De 1803 a 1812, os índios residentes trabalharam na construção do complexo quadrangular, que incluía uma igreja de 190 pés de comprimento e um belo corredor de 20 arcos, todos construídos em tijolo de barro cozido. Diz-se que a igreja da missão foi a maior das missões e acolheu 1.000 pessoas durante os dias de missão. As dimensões são de 188 pés de comprimento e 72 pés de largura e é a única missão com 3 corredores, dois nos lados e um no centro da igreja. Em Junho de 1803, foi colocada a pedra angular para a actual igreja. Com três naves ou corredores, tornou-se a mais ampla de todas as igrejas da missão. Foi dedicada em 23 de Junho de 1812. A conclusão interior da igreja continuou até 1817, quando o chão foi azulejado e o altar principal e os reredos (que contêm as seis estátuas) foram concluídos por Thomas Doak, um marinheiro americano que saltou de navio em Monterey. Ele pintou os reredos em troca de espaço e de comida.
Em 1808, chegou um novo padre chamado P. Arroyo de la Cuesta, trazendo consigo uma tremenda energia, aprendizagem e imaginação. Em vez da habitual nave longa e estreita, o P. Arroyo de la Cuesta convenceu os construtores de que uma ampla igreja de três naves seria um bem invulgar para San Juan. Quando a igreja foi concluída em 1812, era a maior da província e a única estrutura do género alguma vez construída pelos Franciscanos na Califórnia.
Embora a obra tenha progredido na igreja, a congregação neófita para quem foi planeada declinou a um ritmo considerável. Em 1805, a população indiana tinha sido de 1.100 habitantes. Em 1812, quando a igreja foi concluída, a morte e as deserções tinham reduzido o número em mais de metade. O grande edifício novo anulou as congregações presentes, e o Padre de la Cuesta amuralhou nas duas filas de arcos que separavam as três naves da igreja. Com excepção da área próxima do altar, o interior da igreja assemelhava-se então a outras igrejas missionárias, com as duas naves exteriores a formar salas grandes e separadas.
Na decoração e mobiliário da igreja, contudo, o enérgico franciscano não era para ser negado. Procurava continuamente artigos religiosos necessários com um olhar apreciativo para a melhor obra disponível. Em 1820 contratou Thomas Doak, um carpinteiro americano dotado de um talento decorativo, e embelezou as paredes interiores. Foi, aliás, Doak que abandonou o seu navio e veio a terra em Monterey em 1816 para se tornar o primeiro cidadão americano a estabelecer-se na Califórnia. Tomou a cidadania espanhola, encontrou residência permanente em San Juan Bautista, e casou com uma filha de José Castro.
Em 1790, os espanhóis começaram a demonstrar um interesse considerável pelas terras a leste de El Camino Real. San José, San Juan Bautista e Soledad reflectiram este interesse. Os índios hostis já não eram evitados e, nas fileiras dos militares, nomes como Vallejo, Amador, Moraga e Peralta estavam proeminentemente ligados à luta dos índios. Como bases de abastecimento, San José e San Juan Bautista eram constantemente visitados por grupos de soldados sob a liderança de um ou mais destes homens. A luta não era o único método de aproximação aos pagãos, pois, entre os franciscanos, a ideia de estabelecer outras missões a leste nunca foi descartada.
Uma das consequências mais curiosas deste fervor missionário foi a Missão del Rio de los Santos Reyes, que, de facto, nunca existiu. Em 1831, um pedreiro de Boston, Caleb Merrill, chegou à Missão San Diego. Os seus serviços foram imediatamente apreciados pelos Franciscanos, e não demorou muito até que ele estivesse a trabalhar no Carmel. Pouco tempo depois, uma expedição missionária chegou a San Juan Bautista, deixando para trás uma pilha de alvenaria de barro que ainda era evidente nos anos 1860.
Em 1812, o P. Estévan Tápis, que tinha sido o pai presidente das missões desde a morte do P. Lasuén em 1803, retirou-se do escritório e juntou-se ao P. de la Cuesta em San Juan Bautista. Os ensinamentos da missão continuaram sob a direcção do Padre Tapis de 1812 a 1825, enquanto a missão ganhou uma reputação altamente considerada pela qualidade da educação neófita e pela diplomacia do Padre Tapis ao lidar com funcionários do governo e oficiais militares que viviam em San Juan Bautista. Tal como o Padre Durán, ele tinha um talento especial para a música e foi ele quem tanto fez para desenvolver o canto coral entre os neófitos. A utilização de notas coloridas para identificar as várias partes vocais na folha de música foi aparentemente introduzida pelo P. Tápis durante a sua estadia em San Juan. Dois dos seus livros corais manuscritos podem ser vistos no Museu. No ambiente agradável de San Juan Bautista, o idoso franciscano passou o último dos seus 71 anos. Foi amplamente lamentado quando morreu em 1825. O Padre Esteban Tapis, que também fundou a Missão Santa Inês, está enterrado no santuário da igreja.
Fr. de la Cuesta continuou a relegar os assuntos de San Juan Bautista até que a missão passou para as mãos dos Franciscanos Zacatecas. Era um homem forte e imaginativo, com um passado e uma educação mais ricos do que a maioria dos seus companheiros frades. Um dos seus prazeres era a prática de dotar os seus recém-nascidos com nomes emprestados do passado. A este respeito, Alfred Robinson, o comerciante de peles americano que visitou San Juan, relatou que o local abundava em “Platos, Ciceros e Alexanders infantis”
Fr. de la Cuesta conhecia mais de uma dúzia de línguas indianas, e podia proferir os seus sermões em sete línguas. Durante a sua estadia em San Juan Bautista, escreveu duas obras importantes, uma era um compêndio de frases indianas, e a outra era um estudo exaustivo da língua Mutsumi, que recebeu reconhecimento científico em 1860. Depois de Fr. de la Cuesta ter entregue a direcção da missão aos Zacatecas em 1833, juntou-se aos seus próprios Franciscanos em San Miguel onde permaneceu até à sua morte em 1840.
Um órgão de barril inglês foi adquirido em 1826, e este músico de manivela produziu maravilhas e prazer para os neófitos. O órgão de barril inglês operado por manivela na missão é uma fonte de muitas histórias e lendas. Ele fez o seu caminho de Monterey até à missão, em finais de 1820. Foi muito provavelmente dado ao Padre Lasuen pelo explorador britânico Vancouver. O órgão foi feito em Londres e tem mais de 1 metro e meio de altura, 2 metros de largura e 18 polegadas de profundidade. No interior existem 17 tubos de madeira e 29 tubos de metal que soam quando a manivela é rodada. Várias lendas cresceram em torno deste órgão, uma das quais lhe deu poderes invulgares e o ligou à fundação da missão.
O órgão é uma coisa estranha de se ter numa igreja, no entanto. As suas canções são relatadas como “Go to the Devil, Spanish Waltz, College Hornpipe, and Lady Campbell’s Reel”, canções mais conhecidas pelos marinheiros remadores do que pelos piedosos pais.
A história mais interessante sobre o órgão do barril é relatada em The California Missions da revista Sunset Magazine: A Pictorial History: “Das muitas histórias relativas a este órgão de barril, uma das melhores mostra o seu poder quase hipnótico sobre os selvagens como as crianças. Uma tribo de índios Tulare em guerra desceu um dia sobre a missão, e os neófitos correram para se cobrirem. Felizmente, o padre manteve o seu juízo. Ele arrancou o órgão de mão e começou a dar à manivela. Os neófitos apanharam e começaram a cantar com a música no topo das suas vozes, com o resultado de que os seus inimigos estavam tão entrincheirados que depuseram as armas e exigiram mais música, pedindo mesmo para ficar para poderem desfrutar dela o tempo todo”
A missão recebeu um afluxo populacional durante 1824 do Vale de Tulare, muito possivelmente como resultado das expedições agressivas aos territórios interiores por parte dos militares nessa altura. A população tinha atingido o seu pico durante 1823, com 641 homens e 607 mulheres residentes. Um total de 22 habitações de adobe para índios tinha sido construído nesse ano (obviamente a maioria vivia em casas de tule ou em ranchos próximos), e foram feitos relatos de currais de adobe, um celeiro, um forno, e salas de tecelagem restauradas com a nova grande força de trabalho. Os padres relataram que os salários pagos aos índios por serviços qualificados incluíam 4 reais por dia ($0,50) para lenhadores, 3 reais ($0,375) para serradores, e 1,5 reais ($0,1875) para operários.
O relatório de 1827 apresentado ao governador listou o gado da missão e as terras do rancho. Para sudeste e nordeste da missão em colinas baixas e planícies, os índios cuidavam de 6.500 cabeças de gado, 502 éguas, 250 cavalos mansos e partidos, e 37 mulas. A leste mantinham um rancho para as ovelhas da missão. A nordeste, foi mantido um rancho para o gado da missão. A norte-nordeste foi mantido outro rancho, onde o gado pastava em pequenas planícies e colinas baixas perto de nascentes. Não foi praticada qualquer irrigação em nenhum destes ranchos da missão. A norte-nordeste, a três léguas da missão e El Camino Real, a missão mantinha um rancho para ovelhas com pastagens nos lados de altas montanhas. No centro destas montanhas foram encontrados depósitos de breu e enxofre, bem como fontes sulfurosas quentes e frias. As pastagens foram regadas pelo transbordamento do El Rio de Pajaro. Não houve mais terras de missão nessa direcção porque tinham sido feitas concessões de terras espanholas para duas grandes parcelas, o Rancho de las Animas (sul do Vale de Santa Clara) e o Rancho de Solis. A missão também obteve boa madeira desta zona. Para o oeste-noroeste era um rancho de ovelhas, a três léguas da missão, limítrofe do Rancho de Aro. Imediatamente a oeste destas terras estavam os ranchos de Antonio Castro (Pajaro) e os Picos e Vallejos, com as nascentes de Brea do Pajaro a correr na sua direcção. A sudoeste estava o Rancho de San Miguel, ou Los Espinosas. Para sul-sudeste, o rancho de ovelhas de Natividad, bem como a concessão espanhola a Butron e os ranchos Alviso, Alisal, e Sausal, todos num pequeno arroyo. A sul da missão estava a grande elevação de Gavilan, de onde brotavam as nascentes para irrigar os jardins da missão, a vinha, e o campo de milho.
Os livros paroquiais enumeram 42 tribos indígenas pertencentes à Missão San Juan Bautista, falando vinte e nove dialectos e treze línguas diferentes. Foram amistosos com os pais e ajudaram a construir a missão e a trabalhar nos campos.
Marjorie Pierce relata no seu livro “East of the Gabilans”: Os ranchos, as cidades, as pessoas – ontem e hoje: “Os índios gostavam muito de música e canto e mantiveram algumas das suas canções pagãs, algumas tristes e outras alegres, dependendo das circunstâncias. Tinham os seus próprios instrumentos musicais para ocasiões fora da igreja, tais como paus numa bola oca contendo pequenas seixos, e apitos feitos de ossos de ganso ou de veado. Por vezes, enfeitavam-se com penas e pintavam os seus corpos, e, à medida que se aproximavam em círculos, emitiam gritos e gritos”
De acordo com MISSION RECORD OF THE CALIFORNIA INDIANS (1811), traduzido por Alfred. L. Kroeber: “A missão de San Juan Bautista é a mais longínqua do interior do território costaniano. O dialecto de San Juan Bautista, chamado Mutsun em homenagem a uma aldeia próxima da missão, é conhecido a partir de um livro de gramática e frases preparado pelo Padre Felipe Arroyo de la Cuesta, que é provavelmente o autor das seguintes respostas, tal como estava em San Juan Bautista na altura em que o relatório foi solicitado.”
Mais de 4.000 nativos estão enterrados no cemitério da missão ao lado do muro nordeste da igreja da missão Os índios foram enterrados nos seus cobertores, sem caixões.
Como a maioria das outras missões, San Juan Bautista plantou culturas de trigo e milho. Também cultivavam uvas, gado e ovelhas. Os seus produtos agrícolas apoiavam a comunidade da missão e os índios das proximidades e eram utilizados para o comércio. De facto, um próspero centro de comércio de peles, sebo e produtos agrícolas surgiu à volta da missão.