As causas propostas da morte de Alexander incluíam doença hepática alcoólica, febre, e envenenamento por estricnina, mas poucos dados apoiam essas versões. Segundo o relatório da Faculdade de Medicina da Universidade de Maryland de 1998, Alexandre morreu provavelmente de febre tifóide (que, juntamente com a malária, era comum na antiga Babilónia). Na semana anterior à morte de Alexandre, relatos históricos mencionam arrepios, suores, exaustão e febre alta, sintomas típicos de doenças infecciosas, incluindo a febre tifóide. Segundo David W. Oldach do Centro Médico da Universidade de Maryland, Alexandre também tinha “dores abdominais fortes, que o faziam gritar em agonia”. O relato associado, porém, provém do pouco fiável Romance de Alexandre. De acordo com Andrew N. Williams e Robert Arnott, nos últimos dias de Alexandre o Grande ficou mudo. Ficou mudo devido a uma lesão anterior no seu pescoço causada pelo cerco de Ciropo.
p>Outras teorias populares afirmam que Alexandre ou morreu de malária ou foi envenenado. Outras retrodiagnoses incluem também doenças não infecciosas. Segundo o autor Andrew Chugg, há provas de que Alexandre morreu de malária, tendo-a contraído duas semanas antes da sua morte enquanto navegava nos pântanos para inspeccionar as defesas contra as cheias. Chugg baseou o seu argumento em Efemérides por Diodo de Erythrae, de outro modo desconhecido, embora a autenticidade desta fonte tenha sido questionada. Foi também notado que a ausência da curva de assinatura da febre de Plasmodium falciparum (o parasita esperado, dado o historial de viagens de Alexandre) diminui a possibilidade de malária. A versão contra a malária foi no entanto apoiada por Paul Cartledge.
Durante os séculos, as suspeitas de possível envenenamento caíram sobre uma série de alegados perpetradores, incluindo uma das esposas de Alexandre, os seus generais, o seu meio-irmão ilegítimo ou o portador da taça real. A versão envenenada é apresentada particularmente na Liber de Morte Testamentoque Alexandri (The Book On the Death and Testament of Alexander), que tenta desacreditar a família de Antipater. Foi argumentado que o livro foi compilado no círculo de Polyperchon, não antes de c. 317 a.C. Esta teoria foi também avançada por Justino na sua Historia Philippicae et Totius Mundi Origines et Terrae Situs, onde afirmou que Antipater assassinou Alexandre, alimentando-o com um veneno tão forte que “podia ser transmitido no casco de um cavalo”.
Em Alexandre o Grande: A Morte de um Deus, Paul C. Doherty afirmou que Alexandre foi envenenado com arsénico pelo seu possivelmente ilegítimo meio-irmão Ptolomeu I Soter. Contudo, isto foi contestado pelo toxicologista do Centro Nacional de Venenos da Nova Zelândia, Dr Leo Schep, que descontou o envenenamento por arsénico e, em vez disso, sugeriu que poderia ter sido envenenado por um vinho feito a partir da planta Veratrum album, conhecido como hellebore branco. Esta planta era conhecida dos Antigos Gregos e pode produzir sintomas de envenenamento prolongado que correspondem ao curso dos acontecimentos, tal como descrito no Romance Alexandre. O artigo foi publicado na revista médica Clinical Toxicology e sugeriu que se Alexander foi envenenado, o álbum Veratrum oferece a causa mais plausível. Esta teoria é apoiada pelos escritos do historiador grego antigo, Diodorus, que tinha registado que Alexandre tinha ficado “atingido pela dor depois de beber uma grande tigela de vinho”.”
O epidemiologista John Marr e Charles Calisher apresentaram a febre do Nilo Ocidental como possível causa da morte de Alexandre. Esta versão foi considerada como “bastante convincente” pelo epidemiologista da Universidade de Rhode Island Thomas Mather, que no entanto notou que o vírus do Nilo Ocidental tende a matar os idosos ou aqueles com sistemas imunitários enfraquecidos. A versão de Marr e Calisher foi também criticada por Burke A. Cunha do Hospital Universitário Winthrop. Segundo a análise de outros autores em resposta a Marr e Calisher, o vírus do Nilo Ocidental não poderia ter infectado humanos antes do século VIII AD.
p>Outras causas que foram apresentadas incluem pancreatite aguda provocada por “consumo pesado de álcool e uma refeição muito rica”, endocardite aguda, esquistossomose provocada por Schistosoma haematobium, e porfíria. Fritz Schachermeyr propôs a leucemia e a malária. Quando os sintomas de Alexander foram introduzidos na Global Infectious Disease Epidemiology Network, a gripe ganhou a maior probabilidade (41,2%) na lista de diagnósticos diferenciais. No entanto, segundo Cunha, os sintomas e o curso temporal da doença de Alexandre são inconsistentes com a gripe, bem como com a malária, esquistossomose e envenenamento em particular.
A outra teoria afasta-se da doença e faz a hipótese de que a morte de Alexandre estava relacionada com uma síndrome congénita de carência. Tem sido discutido que Alexandre tinha deformidades estruturais do pescoço e défices oculomotores, e isto poderia estar associado à síndrome de Klippel-Feil, uma rara doença congénita cariástica congénita. As suas deformidades físicas e sintomas que levaram à sua morte são o que levam os especialistas a acreditar nisso. Alguns acreditam que, como Alexandre adoeceu nos seus últimos dias, sofreu de compressão epidural progressiva da medula espinal, o que o deixou tetraplégico. Contudo, esta hipótese não pode ser provada sem uma análise completa do corpo de Alexandre.