Para empezar, pon una olla grande de agua con sal en el fuego y llévala a ebullición.
Mientras tanto, carameliza las cebollas. Calienta el aceite de semilla de uva en una sartén a fuego medio. Añadir las cebollas, reducir el fuego y cocinar lentamente hasta que las cebollas se caramelicen y alcancen un color dorado, unos 20 minutos.
Para hacer los spaetzle, poner la harina, los huevos, la leche, la sal, la pimienta y la nuez moscada en el bol de una batidora eléctrica y batir hasta que se forme una masa elástica y suave, aproximadamente 1 minuto. Saque la masa del bol y colóquela en un molde perforado (puede utilizar un colador con agujeros grandes) o en una prensa para spaetzle. Con un cortapastas de plástico o una espátula, introduzca la masa a través de los agujeros en el agua hirviendo. Cocine hasta que el spaetzle suba a la superficie del agua, de 1 a 2 minutos. Colar y pasar a un bol.
Combinar el caldo de pollo y el spaetzle en una cacerola mediana y llevar a ebullición. Retirar del fuego y añadir el Gruyère, la mantequilla y la crema agria; remover hasta que el queso empiece a fundirse. Sazone al gusto con sal y pimienta. Repartir en 6 ramequines o cuencos pequeños y decorar con cebollas caramelizadas y una ramita de perifollo.