En la Convención Constitucional del Estado de Luisiana de 1879, los líderes políticos afroamericanos P.B.S. Pinchback, Theophile T. Allain y Henry Demas propusieron fundar una institución de educación superior «para la educación de las personas de color». Luisiana, antes de la Guerra Civil estadounidense, contaba con una clase establecida de personas de color libres, que solían ser propietarias y educadas; mantuvieron esa tradición para sus hijos.
En 1880, la Asamblea General de Luisiana fletó lo que entonces se llamaba Southern University for Colored Students, originalmente ubicada en Nueva Orleans. Southern abrió sus puertas el 7 de marzo de 1881 con 12 estudiantes. La escuela funcionó durante un tiempo en el antiguo Templo Israel Sinaí, en la calle Calliope, entre las calles St. Charles y Camp.
En 1890, la legislatura designó a Southern como una universidad de concesión de tierras para negros, con el fin de seguir satisfaciendo los requisitos federales del programa de concesión de tierras para apoyar la educación superior de todos los estudiantes del estado, a pesar de tener un sistema segregado. En 1904, la «Picayune Guide to New Orleans» describió la universidad, situada entonces en el bloque 5100 de la calle Magazine, en la parte alta de Nueva Orleans, como «para la educación de personas de color». La coeducación está en vigor aquí. La escuela es excelente y la instrucción de carácter avanzado».
Debido al continuo crecimiento y a la falta de terreno para la expansión, en 1914 la universidad se trasladó a Scotlandville, a lo largo de Scott’s Bluff frente al río Mississippi y al norte de Baton Rouge. Ahora absorbida por la capital, esta zona está incluida como destino histórico de la Ruta del Patrimonio Afroamericano de Luisiana.
El primer presidente de lo que hoy se conoce como Southern University at Baton Rouge fue el Dr. Joseph Samuel Clark. Clark, un líder afroamericano de Baton Rouge. Había dirigido el Baton Rouge College y la Asociación de Maestros de Color de Luisiana.
En 1921, la Convención Constitucional de Luisiana autorizó la reorganización y expansión de la Southern University; la Ley Legislativa 100 de 1922 dispuso que la institución se reorganizara bajo el control del Consejo Estatal de Educación. Clark presidió la Southern University durante su consiguiente expansión. La matrícula de estudiantes creció de 47 a 500, y dos de los primeros edificios de la escuela se construyeron durante este tiempo.
El Sistema de Escuelas de Laboratorio de la Universidad del Sur comenzó a funcionar en septiembre de 1922. La Escuela de Laboratorio fue acreditada por primera vez por la Asociación de Colegios y Escuelas del Sur en 1936 y ha otorgado más de 5.000 diplomas de bachillerato desde su creación. Clark presidió hasta su jubilación en 1938.
El hijo de Clark, el Dr. Felton Grandison Clark, fue nombrado presidente ese año. Había estado sirviendo como decano en Southern desde 1934. La Escuela Estatal para Negros Sordos y Ciegos se estableció aquí en 1938, bajo la supervisión de la Universidad del Sur. En 1943, la universidad recibió la visita de la Primera Dama, Eleanor Roosevelt. F. G. Clark generó mucha más expansión de la universidad: 33 de los 114 edificios actuales se construyeron durante sus 30 años de mandato. La matrícula de estudiantes creció de 500 a casi 10.000 alumnos al final de su mandato.
Bajo la educación estatal segregada, la Facultad de Derecho de la LSU se había negado a admitir a Charles J. Hatfield, III, un graduado universitario afroamericano que presentó una demanda en 1946 para obtener educación profesional en el estado. Una Convención especial de Luisiana estableció un programa de derecho en 1947 en la Southern University; ahora se conoce como Southern University Law Center. F. G. Clark amplió los centros afiliados a la Southern University, fundando la Southern University de Nueva Orleans (SUNO) (1956) y la Southern University de Shreveport (SUSLA) (1964). Fueron incorporadas oficialmente por la legislatura al Sistema Universitario del Sur en 1974.
En 1969, Clark se retiró y el Dr. G. Leon Netterville fue seleccionado como presidente. El 16 de noviembre de 1972, en un segundo día de protestas mientras los estudiantes discutían para ser incluidos en la determinación de las políticas y decisiones de la administración, Denver Smith y Leonard Brown fueron asesinados a tiros durante una protesta fuera del Old Auditorium (ahora el Museo de Arte de la Universidad del Sur). Los asesinatos nunca se han resuelto, pero los estudiantes fueron asesinados con perdigones, que los ayudantes del sheriff estaban utilizando. Estos dos estudiantes participaban en «Students United», un grupo activista estudiantil. El gobernador y la oficina del sheriff negaron que su gente fuera responsable de las muertes. El gobernador Edwin Edwards ordenó el cierre temporal del campus, que fue patrullado por tropas para mantener la paz.
La institución siguió creciendo. En 1974, una sesión especial en la Legislatura de Luisiana estableció el Sistema Universitario del Sur, con Jesse N. Stone de Shreveport como presidente. El sistema está formado por Southern University y A&M College, Baton Rouge (SUBR); Southern University, New Orleans (SUNO); Southern University Law Center (SULC); Southern University Agricultural Center (SUAC); y Southern University, Shreveport (SUSLA). SUSLA es una universidad de dos años de duración que se desplaza al lugar de trabajo.
El Museo de Arte de la Universidad del Sur en Shreveport ha sido designado como destino de la Ruta del Patrimonio Afroamericano de Luisiana.
En 1978, la legislatura fusionó la Escuela del Sur para Sordos con la Escuela de Luisiana para Sordos, trasladando a los estudiantes temporalmente al Campus Norte de Mayflower, durante la construcción del nuevo Campus Sur. En 1985, entraron en los nuevos edificios del Sur.
Entre 1970 y 1990, la universidad matriculó constantemente a más de 10.000 estudiantes y se aseguró el título de ser la HBCU más grande de la nación.
Entre 2004 y 2013, la Universidad del Sur ocupó el cuarto lugar en la nación en cuanto a la institución de origen de bachillerato de los hombres negros que se doctoraron.