Samuel Parris, hijo de Thomas Parris, nació en Londres, Inglaterra, en el seno de una familia de modesto éxito económico e inconformismo religioso. Samuel emigró a Boston a principios de la década de 1660, donde asistió al Harvard College a instancias de su padre. Cuando su padre murió en 1673, Samuel dejó Harvard para hacerse cargo de su herencia en Barbados, donde mantuvo una plantación de azúcar.
En 1680, después de que un huracán azotara Barbados, dañando gran parte de sus propiedades, Parris vendió un poco de sus tierras y regresó a Boston, donde llevó a su esclava Tituba y se casó con Elizabeth Eldridge. Eldridge era señalada por muchos como increíblemente bella, y se decía que era una de las mujeres más hermosas de la villa de Salem. Juntos tuvieron tres hijos, Thomas Parris, Elizabeth Parris y Susannah Parris. Aunque la plantación mantenía sus empresas mercantiles, Parris estaba insatisfecho con su falta de seguridad financiera y comenzó a buscar el ministerio. En julio de 1689, se convirtió en ministro de Salem Village (ahora Danvers), Massachusetts.
Salem Village era un lugar conflictivo para vivir y tenía fama de ser pendenciero por los pueblos y aldeas vecinas. Su patrón de asentamiento disperso puede haber dado lugar a la falta de un sentido de propósito común que podría haber unido a comunidades más ordenadas y dispuestas. Parris fue el cuarto ministro nombrado en una serie de intentos infructuosos de mantener un ministro permanente. James Bayley (1673-79) y George Burroughs (1680-83) permanecieron sólo unos pocos años, y se marcharon después de que la congregación no pagara sus tarifas completas. Deodat Lawson (1684-88) se marchó con menos contención. La demora de Parris en aceptar el cargo y su incapacidad para resolver las disputas de sus feligreses provocaron más tensiones. También hubo disputas sobre la compensación de Parris. En octubre de 1691, el pueblo decidió dejar de pagarle su salario. Estas cuestiones, y otras más personales entre los habitantes del pueblo, siguieron creciendo sin cesar.
Los acontecimientos que condujeron a los juicios por brujería de Salem comenzaron cuando la hija de Parris, Betty, y su prima, Abigail Williams, acusaron a la esclava de Parris, Tituba, de brujería. Parris golpeó a Tituba hasta que se confesó bruja, y John Indian, su marido, comenzó a acusar a otros. El delirio se extendió y muchos fueron detenidos, la mayoría de los cuales fueron encarcelados. Durante los 16 meses que duró el fenómeno de los juicios de brujas de Salem, 19 personas fueron ahorcadas, y una, Giles Corey, fue presionada hasta la muerte.
Durante un sermón de 1692, Parris declaró que «como en nuestro texto había una entre las 12… así en nuestras iglesias Dios sabe cuántos demonios hay», animando a los aldeanos antagonistas a localizar y destruir a las «brujas» que, como ocurrió, eran frecuentemente individuos con los que Parris y sus aliados clave, la familia Putnam, se habían enfadado.
Como Parris había sido un activo fiscal en los casos de brujería, en 1693, su parroquia presentó cargos contra Parris por su participación en los juicios. Parris se disculpó en su ensayo Meditaciones para la paz, que presentó en noviembre de 1694. Increase Mather dirigió un consejo eclesiástico que entonces lo reivindicó.
Parris se vio entonces envuelto en una disputa con su congregación por unos terrenos parroquiales de los que se había apoderado para compensarse por el salario que se le debía. La disputa llegó a un tribunal de Ipswich que, en 1697, ordenó que se le pagara el salario y se le devolviera el terreno. Sin embargo, en 1696 su situación ya era insostenible. Ese año dimitió y abandonó Salem. Los registros de las escrituras de Suffolk indican que es probable que volviera a los negocios en Boston en 1697.
Su esposa Elizabeth murió en 1696. En 1699 se volvió a casar, con Dorothy Noyes, en Sudbury. Predicó dos o tres años en Stow. Luego se trasladó a Concord (1704/05). También predicó seis meses en Dunstable en 1711. Murió el 27 de febrero de 1720 en Sudbury.