La fiebre del algodón puede parecerse a otras infecciones corporales como la gripe; sería necesario un cultivo para determinar si un paciente concreto ha sido infectado por la bacteria específica (Pantoea agglomerans) que causa la verdadera fiebre del algodón. Sigue existiendo confusión, ya que las definiciones anticuadas o inexactas de la afección, incluidas sus causas, siguen estando muy extendidas, especialmente entre los consumidores de drogas intravenosas, que probablemente se autodiagnostiquen basándose en el conocimiento común local.
Aunque no se puede descartar, la fiebre del algodón podría ser el resultado de la introducción directa en el torrente sanguíneo de una pequeña fibra de algodón u otra materia particulada que pueda haberse adherido a la punta de una aguja hipodérmica usada o desafilada. Otra posibilidad es el aumento de la tasa de infección debido a que las partículas de algodón introducen bacterias directamente en el torrente sanguíneo. La fiebre del algodón, o más concretamente sus síntomas, también puede producirse por la inyección de sangre vieja en el torrente sanguíneo. Aunque al hacerlo no se produce la verdadera fiebre del algodón causada por el enterobacter agglomerans, sí que se presentan los síntomas de la fiebre del algodón: fiebre, escalofríos intensos, mialgia, espasmos musculares, especialmente en el cuello y la espalda, taquicardia, hidrosis profusa, dificultad para respirar, letargo y fatiga. La inyección I/V de células sanguíneas viejas puede introducir una miríada de bacterias y/o microbios en el torrente sanguíneo, ya que la sangre vieja, es decir, la que queda en una jeringa previamente utilizada, actúa como una placa de Petri para el cultivo de dichos microorganismos. Sin embargo, es necesario realizar un frotis de sangre y/o un cultivo para determinar el organismo patógeno específico.
La fiebre del algodón tiene síntomas específicos que la diferencian de otras dolencias: fiebre, escalofríos y dificultad para respirar. En Europa, la fiebre del algodón se llama comúnmente «los temblores», en referencia a otro síntoma común de la fiebre del algodón. Las personas que padecen esta dolencia suelen experimentar violentos temblores o escalofríos.
Estos síntomas suelen producirse inmediatamente después de la inyección, pero hay informes de retrasos de hasta una hora de duración.
En la mayoría de las circunstancias, la fiebre del algodón es bastante benigna. Aunque es posible que se convierta en algo mucho más grave como una neumonía. Sin embargo, normalmente los síntomas de la fiebre del algodón desaparecen en pocas horas, por ejemplo, los síntomas suelen aparecer inmediatamente después de una inyección, pero hay informes de retrasos de hasta una hora de duración.