El 28 de julio de 1980, Favara fue secuestrado y desapareció. Según la Oficina Federal de Investigación (FBI), antes de que Favara y su familia pudieran desplazarse, fue introducido en una furgoneta por varios hombres cerca de su lugar de trabajo. Hubo varios testigos del secuestro y los relatos variaban entre golpearle con un bate de béisbol, dispararle con una pistola silenciada del calibre 22, o ambas cosas. Los relatos difieren en cuanto a lo que se hizo con el cuerpo de Favara. Un relato decía que, mientras Favara estaba vivo, fue desmembrado con una motosierra, metido en un barril lleno de hormigón y arrojado al océano, o enterrado en algún lugar del solar de un desguace.
Después del secuestro, la mujer y los dos hijos de Favara se mudaron de Howard Beach; Favara fue declarado legalmente muerto en 1983. En noviembre de 2004, unos informantes llevaron a la Oficina Federal de Investigación (FBI) a excavar un aparcamiento en Nueva York que se sospechaba que era un cementerio de la mafia y el lugar donde se encontraba el cuerpo de Favara. Aunque se encontraron dos cadáveres, el de Favara no estaba entre ellos.
Se supone que Gotti ordenó el asesinato a pesar de que él y su familia se fueron de vacaciones a Florida tres días antes del asesinato. Cuando fue interrogado por dos detectives sobre la desaparición de Favara, Gotti dijo: «No lamento que el tipo haya desaparecido. No lamentaría que el tipo apareciera muerto»
Previamente, los fiscales creían que los restos de Favara fueron metidos en un barril de hormigón y arrojados desde un muelle de Sheepshead Bay, pero los documentos del tribunal federal de Brooklyn presentados por los fiscales federales la semana del 5 de enero de 2009, contienen alegaciones de que el sicario de la mafia Charles Carneglia mató a Favara y se deshizo de su cuerpo en ácido.