A 28 de Julho de 1980, Favara foi raptada e desapareceu. Segundo o Federal Bureau of Investigation (FBI), antes de Favara e a sua família se poderem mudar, foi empurrado para uma carrinha por vários homens perto do seu local de trabalho. Houve várias testemunhas do rapto e os relatos variavam entre ele ter sido espancado com um taco de basebol, alvejado com uma pistola de calibre .22 silenciada, ou ambos. Os relatos diferiam sobre o que foi feito com o corpo de Favara. Um relato dizia que enquanto Favara estava vivo, foi desmembrado com uma serra eléctrica, enfiado num barril cheio de betão e despejado no oceano, ou enterrado algures no lote de uma oficina de corte.
Após o rapto, a mulher de Favara e dois filhos mudaram-se de Howard Beach; Favara foi declarado legalmente morto em 1983. Em Novembro de 2004, os informadores levaram o Federal Bureau of Investigation (FBI) a escavar um parque de estacionamento em Nova Iorque suspeito de ser um cemitério da máfia e o local onde se encontrava o corpo de Favara. Enquanto foram encontrados dois corpos, o de Favara não se encontrava entre eles.
Gotti é amplamente assumido como tendo ordenado o assassinato, apesar de ele e a sua família partirem de férias para a Florida três dias antes do assassinato. Quando interrogado por dois detectives sobre o desaparecimento de Favara, Gotti disse: “Não lamento que o tipo tenha desaparecido. Não lamentaria se o tipo aparecesse morto”
Anteriormente, os promotores acreditavam que os restos mortais de Favara estavam enfiados num barril de betão e atirados de um cais de Sheepshead Bay, mas os documentos do tribunal federal de Brooklyn arquivados pelos promotores federais na semana de 5 de Janeiro de 2009, contêm alegações de que o assassino da máfia Charles Carneglia matou Favara e deitou fora o seu corpo em ácido.