Alla Convenzione costituzionale dello Stato della Louisiana del 1879, i leader politici afro-americani P.B.S. Pinchback, Theophile T. Allain e Henry Demas proposero di fondare un istituto di istruzione superiore “per l’istruzione delle persone di colore”. La Louisiana prima della guerra civile americana aveva una classe consolidata di persone di colore libere, che erano spesso proprietari di immobili e istruiti; essi mantennero questa tradizione per i loro figli.
Nel 1880, l’Assemblea Generale della Louisiana fondò quella che allora si chiamava Southern University for Colored Students, originariamente situata a New Orleans. La Southern aprì le sue porte il 7 marzo 1881 con 12 studenti. La scuola fu tenuta per un certo periodo nell’ex Tempio Israel Sinai su Calliope Street, tra St. Charles e Camp streets.
Nel 1890, la legislatura designò la Southern come Land Grant College per i neri, al fine di continuare a soddisfare i requisiti federali del programma Land Grant per sostenere l’istruzione superiore per tutti gli studenti dello stato, pur avendo un sistema segregato. Il “Picayune Guide to New Orleans” del 1904 descrisse l’Università, allora al 5100 di Magazine Street nel centro di New Orleans, come “per l’educazione delle persone di colore. La coeducazione è in vigore qui. La scuola è eccellente e l’istruzione di carattere avanzato”.
A causa della continua crescita e della mancanza di terreno per l’espansione, nel 1914 l’università si trasferì a Scotlandville, lungo Scott’s Bluff di fronte al fiume Mississippi e a nord di Baton Rouge. Ora assorbita nella capitale, quest’area è inclusa come destinazione storica del Louisiana African American Heritage Trail.
Il primo presidente di quella che ora è conosciuta come Southern University a Baton Rouge fu il dottor Joseph Samuel Clark. Clark, un leader afroamericano di Baton Rouge. Aveva guidato il Baton Rouge College e la Louisiana Colored Teachers Association.
Nel 1921, la Louisiana Constitutional Convention autorizzò la riorganizzazione e l’espansione della Southern University; il Legislative Act 100 del 1922 prevedeva che l’istituzione fosse riorganizzata sotto il controllo dello State Board of Education. Clark ha presieduto la Southern University durante la sua conseguente espansione. L’iscrizione degli studenti crebbe da 47 a 500, e due dei primi edifici della scuola furono costruiti durante questo periodo.
Il Southern University Laboratory School System iniziò ad operare nel settembre 1922. La Scuola Laboratorio fu accreditata per la prima volta dalla Southern Association of Colleges and Schools nel 1936 e ha conferito più di 5.000 diplomi di scuola superiore dal suo inizio. Clark ha presieduto fino al suo ritiro nel 1938.
Il figlio di Clark, il Dr. Felton Grandison Clark, fu nominato presidente quell’anno. Aveva servito come preside alla Southern dal 1934. La State School for the Negro Deaf and Blind fu istituita qui nel 1938, sotto la supervisione della Southern University. Nel 1943, l’università fu visitata dalla First Lady, Eleanor Roosevelt. F. G. Clark generò molta più espansione dell’università: 33 dei 114 edifici attuali furono costruiti durante i suoi 30 anni di mandato. L’iscrizione degli studenti crebbe da 500 a quasi 10.000 studenti alla fine del suo mandato.
Sotto la segregazione dell’istruzione statale, la LSU Law School si era rifiutata di ammettere Charles J. Hatfield, III, un laureato afroamericano che aveva intentato una causa nel 1946 per ottenere un’istruzione professionale nello stato. Una convenzione speciale della Louisiana stabilì un programma di legge nel 1947 alla Southern University; ora è conosciuta come Southern University Law Center. F. G. Clark ampliò i centri affiliati alla Southern University, fondando la Southern University at New Orleans (SUNO) (1956) e la Southern University at Shreveport (SUSLA) (1964). Furono ufficialmente incorporate dalla legislatura nel Southern University System nel 1974.
Nel 1969, Clark andò in pensione e il Dr. G. Leon Netterville fu scelto come presidente. Il 16 novembre 1972, in un secondo giorno di proteste mentre gli studenti discutevano per essere inclusi nel determinare le politiche e le decisioni dell’amministrazione, Denver Smith e Leonard Brown furono uccisi durante una protesta fuori dal Vecchio Auditorium (ora il Southern University Museum of Art). Gli omicidi non sono mai stati risolti, ma gli studenti furono uccisi a pallettoni, che gli agenti dello sceriffo stavano usando. Questi due studenti erano coinvolti in “Students United”, un gruppo di studenti attivisti. Il governatore e l’ufficio dello sceriffo negarono che la loro gente fosse responsabile delle morti. Il governatore Edwin Edwards ordinò la chiusura temporanea del campus, che venne pattugliato dalle truppe per mantenere la pace.
L’istituzione continuò a crescere. Nel 1974, una sessione speciale della legislatura della Louisiana ha istituito il Southern University System, con Jesse N. Stone di Shreveport come presidente. Il sistema è composto da Southern University e A& College, Baton Rouge (SUBR); Southern University, New Orleans (SUNO); Southern University Law Center (SULC); Southern University Agricultural Center (SUAC); e Southern University, Shreveport (SUSLA). SUSLA è un college biennale per pendolari.
Il Southern University Museum of Art di Shreveport è stato designato come destinazione del Louisiana African American Heritage Trail.
Nel 1978, il legislatore ha fuso la Southern School for the Deaf con la Louisiana School for the Deaf, spostando gli studenti temporaneamente nel Mayflower North Campus, durante la costruzione del nuovo South Campus. Nel 1985, entrarono nei nuovi edifici del Sud.
Tra il 1970 e il 1990, l’università ha costantemente iscritto oltre 10.000 studenti e si è assicurata il titolo di più grande HBCU della nazione.
Tra il 2004 e il 2013, la Southern University si è classificata al quarto posto nella nazione per l’istituzione di origine baccalaureata dei destinatari di dottorato maschi neri.