Il 28 luglio 1980, Favara fu rapito e scomparve. Secondo il Federal Bureau of Investigation (FBI), prima che Favara e la sua famiglia fossero in grado di muoversi, fu spinto in un furgone da diversi uomini vicino al suo posto di lavoro. Ci sono stati diversi testimoni del rapimento e i resoconti variano dal fatto che sia stato picchiato con una mazza da baseball, colpito con una pistola silenziata calibro 22, o entrambi. I resoconti differivano su ciò che è stato fatto con il corpo di Favara. Un resoconto ha detto che mentre Favara era vivo, è stato smembrato con una motosega, infilato in un barile riempito di cemento e gettato nell’oceano, o sepolto da qualche parte nel lotto di un chop shop.
Dopo il rapimento, la moglie e i due figli di Favara si trasferirono fuori da Howard Beach; Favara fu dichiarato legalmente morto nel 1983. Nel novembre 2004, degli informatori hanno portato il Federal Bureau of Investigation (FBI) a scavare in un parcheggio di New York City che si sospettava fosse un cimitero della mafia e il luogo del corpo di Favara. Anche se furono trovati due corpi, quello di Favara non era tra questi.
Gotti è ampiamente ritenuto il mandante dell’omicidio nonostante lui e la sua famiglia siano partiti in vacanza in Florida tre giorni prima dell’omicidio. Interrogato da due detective sulla scomparsa di Favara, Gotti disse: “Non mi dispiace che il ragazzo sia scomparso. Non sarei dispiaciuto se il ragazzo fosse stato trovato morto.”
In precedenza, i procuratori credevano che i resti di Favara fossero stati messi in un barile di cemento e gettati da un molo di Sheepshead Bay, ma i documenti della corte federale di Brooklyn, depositati dai procuratori federali la settimana del 5 gennaio 2009, contengono accuse che il sicario della mafia Charles Carneglia ha ucciso Favara e si è liberato del suo corpo nell’acido.