Le cause proposte per la morte di Alessandro includevano la malattia alcolica del fegato, la febbre e l’avvelenamento da stricnina, ma pochi dati supportano queste versioni. Secondo il rapporto della University of Maryland School of Medicine del 1998, Alessandro morì probabilmente di febbre tifoidea (che, insieme alla malaria, era comune nell’antica Babilonia). Nella settimana prima della morte di Alessandro, i resoconti storici menzionano brividi, sudori, spossatezza e febbre alta, sintomi tipici di malattie infettive, tra cui la febbre tifoidea. Secondo David W. Oldach dell’Università del Maryland Medical Center, Alessandro aveva anche “forti dolori addominali, che lo portarono a gridare in agonia”. Il resoconto associato, tuttavia, proviene dall’inaffidabile Alexander Romance. Secondo Andrew N. Williams e Robert Arnott, negli ultimi giorni di Alessandro il Grande divenne muto. Divenne muto a causa di una precedente ferita al collo dall’assedio di Cyropolis.
Altre teorie popolari sostengono che Alessandro morì di malaria o fu avvelenato. Altre retrodiagnosi includono anche malattie non infettive. Secondo l’autore Andrew Chugg, ci sono prove che Alessandro morì di malaria, avendola contratta due settimane prima della sua morte mentre navigava nelle paludi per ispezionare le difese dalle inondazioni. Chugg ha basato il suo argomento sulle Effemeridi di Diodoto di Erythrae, altrimenti sconosciuto, anche se l’autenticità di questa fonte è stata messa in discussione. È stato anche notato che l’assenza della curva della febbre firma di Plasmodium falciparum (il parassita previsto, data la storia di viaggio di Alessandro) diminuisce la possibilità di malaria. La versione della malaria è stata comunque sostenuta da Paul Cartledge.
Nel corso dei secoli i sospetti di un possibile avvelenamento sono caduti su una serie di presunti responsabili, tra cui una delle mogli di Alessandro, i suoi generali, il suo fratellastro illegittimo o il coppiere reale. La versione dell’avvelenamento è particolarmente presente nel Liber de Morte Testamentoque Alexandri (Il libro sulla morte e il testamento di Alessandro), motivato politicamente, che cerca di screditare la famiglia di Antipatro. Si è sostenuto che il libro fu compilato nella cerchia di Poliperconte, non prima del 317 a.C. circa. Questa teoria è stata avanzata anche da Giustino nella sua Historia Philippicae et Totius Mundi Origines et Terrae Situs dove afferma che Antipatro uccise Alessandro nutrendolo con un veleno così forte che “potrebbe essere trasportato nello zoccolo di un cavallo”.
In Alessandro il Grande: The Death of a God, Paul C. Doherty sostenne che Alessandro fu avvelenato con l’arsenico dal suo fratellastro forse illegittimo Tolomeo I Soter. Tuttavia, questo è stato contestato dal tossicologo neozelandese Leo Schep del National Poisons Centre, che ha escluso l’avvelenamento da arsenico e ha invece suggerito che potrebbe essere stato avvelenato da un vino fatto con la pianta Veratrum album, conosciuta come elleboro bianco. Questa pianta era nota agli antichi greci e può produrre sintomi prolungati di avvelenamento che corrispondono al corso degli eventi come descritto nel romanzo di Alessandro. L’articolo è stato pubblicato sulla rivista medica peer-reviewed Clinical Toxicology e suggerisce che se Alessandro fu avvelenato, il Veratrum album offre la causa più plausibile. Questa teoria è sostenuta dagli scritti dello storico greco antico, Diodoro, che aveva registrato Alessandro diventare “colpito dal dolore dopo aver bevuto una grande coppa di vino.”
L’epidemiologo John Marr e Charles Calisher hanno proposto la febbre del Nilo occidentale come possibile causa della morte di Alessandro. Questa versione fu ritenuta “abbastanza convincente” dall’epidemiologo dell’Università del Rhode Island Thomas Mather, che tuttavia notò che il virus del Nilo occidentale tende ad uccidere gli anziani o quelli con un sistema immunitario indebolito. La versione di Marr e Calisher è stata anche criticata da Burke A. Cunha del Winthrop University Hospital. Secondo l’analisi di altri autori in risposta a Marr e Calisher, il virus del Nilo occidentale non avrebbe potuto infettare l’uomo prima dell’VIII secolo d.C.
Altre cause che sono state avanzate includono la pancreatite acuta provocata da “un forte consumo di alcol e un pasto molto ricco”, l’endocardite acuta, la schistosomiasi causata da Schistosoma haematobium e la porfiria. Fritz Schachermeyr propose la leucemia e la malaria. Quando i sintomi di Alexander furono inseriti nel Global Infectious Disease Epidemiology Network, l’influenza ottenne la massima probabilità (41,2%) nella lista delle diagnosi differenziali. Tuttavia, secondo Cunha, i sintomi e il decorso temporale della malattia di Alessandro non sono coerenti con l’influenza, così come con la malaria, la schistosomiasi e l’avvelenamento in particolare.
Un’altra teoria si allontana dalla malattia e ipotizza che la morte di Alessandro fosse legata a una sindrome scoliotica congenita. È stato discusso che Alexander aveva deformità strutturali del collo e deficit oculomotori, e questo potrebbe essere associato alla sindrome di Klippel-Feil, un raro disturbo scoliotico congenito. Le sue deformità fisiche e i sintomi che hanno portato alla sua morte sono ciò che portano gli esperti a credere questo. Alcuni credono che quando Alexander si ammalò nei suoi ultimi giorni, soffrì di una progressiva compressione epidurale del midollo spinale, che lo lasciò tetraplegico. Tuttavia questa ipotesi non può essere provata senza un’analisi completa del corpo di Alessandro.