La construction a commencé presque immédiatement sous les soins des pères Jose Manuel de Martiarena et Pedro Martinez. À Noël, en raison de la population indigène amicale et coopérative, non seulement une église en adobe a été construite, mais aussi un grenier, des casernes, un monastère et quelques maisons en adobe. En 1800, il y avait plus de 500 Indiens vivant à la mission.
Située au milieu de la vallée de San Juan, la mission se trouve juste sur la faille de San Andreas ! Bien que son emplacement juste sur la faille était moins dangereux que d’autres endroits, cela expliquait de nombreux jours et nuits tremblants. En octobre 1798, les secousses étaient si fortes que les missionnaires ont dormi dehors pendant tout le mois. La terre a tremblé jusqu’à 6 fois en un jour, laissant de nombreuses et énormes fissures à la fois dans les bâtiments et dans le sol.
Lorsqu’un tremblement de terre a causé des dommages considérables en octobre 1800, les padres en ont profité pour agrandir l’église, et ajouter certaines installations tout en faisant les réparations nécessaires. La population indienne continua d’augmenter et, en 1803, de vastes plans furent élaborés pour la construction d’une autre église. Les travaux de construction sont précédés d’une cérémonie élaborée à laquelle sont invités des gens de toute la province. Lors de la dédicace, un récit de l’événement a été scellé dans une bouteille et placé dans la pierre angulaire. De 1803 à 1812, les Indiens résidents ont travaillé à la construction du complexe du quadrilatère, qui comprenait une église de 190 pieds de long et un magnifique corridor de 20 arches, tous construits en briques d’adobe cuites. L’église de la mission est considérée comme la plus grande des missions et pouvait accueillir 1 000 personnes à l’époque de la mission. Les dimensions sont de 188 pieds de long et 72 pieds de large et c’est la seule mission avec 3 allées, deux sur les côtés et une au centre de l’église. En juin 1803, la pierre angulaire de l’église actuelle est posée. Avec ses trois nefs, elle devient la plus large de toutes les églises de mission. Elle est inaugurée le 23 juin 1812. L’achèvement de l’intérieur de l’église s’est poursuivi jusqu’en 1817, date à laquelle le sol a été carrelé et l’autel principal et le retable (qui contient les six statues) ont été achevés par Thomas Doak, un marin américain qui a quitté le navire à Monterey. Il a peint le retable en échange du gîte et du couvert.
En 1808, un nouveau padre nommé Fr. Arroyo de la Cuesta est arrivé, apportant avec lui une énergie, un apprentissage et une imagination formidables. Au lieu de la nef habituelle, longue et étroite, le père de la Cuesta a convaincu les constructeurs qu’une large église à trois nefs serait un atout inhabituel pour San Juan. Lorsque l’église fut achevée en 1812, elle était la plus grande de la province et la seule structure de ce type jamais construite par les franciscains en Californie.
Alors que les travaux progressaient sur l’église, la congrégation néophyte pour laquelle elle était prévue déclinait à un rythme considérable. En 1805, la population indienne s’était élevée à 1 100 personnes. En 1812, lorsque l’église a été achevée, la mort et les désertions avaient réduit ce nombre de plus de la moitié. Le grand édifice neuf éclipse les congrégations présentes, et le Padre de la Cuesta emmure les deux rangées d’arches qui séparent les trois nefs de l’église. À l’exception de la zone située près de l’autel, l’intérieur de l’église ressemblait alors à d’autres églises de mission, les deux nefs extérieures formant de grandes pièces séparées.
Pour la décoration et l’ameublement de l’église, cependant, l’énergique franciscain ne se laissa pas démonter. Il recherchait continuellement les articles religieux nécessaires avec un œil appréciateur pour la meilleure exécution disponible. En 1820, il engagea Thomas Doak, un charpentier américain doué d’un talent décoratif, et embellit les murs intérieurs. C’est d’ailleurs Doak qui a déserté son navire et débarqué à Monterey en 1816 pour devenir le premier citoyen américain à s’installer en Californie. Il prit la nationalité espagnole, trouva une résidence permanente à San Juan Bautista et épousa une fille de José Castro.
En 1790, les Espagnols commencèrent à manifester un intérêt considérable pour les terres situées à l’est d’El Camino Real. San José, San Juan Bautista et Soledad reflétaient cet intérêt. Les Indiens inamicaux n’étaient plus évités et, dans les rangs des militaires, des noms tels que Vallejo, Amador, Moraga et Peralta étaient liés de manière proéminente aux combats avec les Indiens. En tant que bases de ravitaillement, San José et San Juan Bautista étaient constamment visités par des groupes de soldats sous la direction d’un ou plusieurs de ces hommes. Les combats n’étaient pas la seule méthode d’approche des païens car, parmi les franciscains, l’idée d’établir d’autres missions à l’est n’était jamais écartée.
L’une des conséquences les plus curieuses de cette ferveur missionnaire fut la Mission del Rio de los Santos Reyes, qui n’a jamais tout à fait existé dans les faits. En 1831, un tailleur de pierre de Boston, Caleb Merrill, arrive à la Mission San Diego. Ses services furent immédiatement appréciés par les Franciscains, et il ne tarda pas à travailler au Carmel. Peu de temps après, une expédition missionnaire arriva à San Juan Bautista, laissant derrière elle un amas de maçonnerie en adobe qui était encore évident dans les années 1860.
En 1812, le père Estévan Tápis, qui faisait office de père presidente des missions depuis la mort du père Lasuén en 1803, se retira de la fonction et rejoignit le père de la Cuesta à San Juan Bautista. Les enseignements de la mission se poursuivirent sous la direction du père Tapis de 1812 à 1825, tandis que la mission acquit une réputation très appréciée pour la qualité de l’éducation des néophytes et la diplomatie du Padre Tapis dans ses rapports avec les fonctionnaires du gouvernement et les officiers militaires vivant à San Juan Bautista. Comme le Père Durán, il avait un talent particulier pour la musique et c’est lui qui a tant fait pour développer le chant choral parmi les néophytes. L’utilisation de notes de couleur pour identifier les différentes parties vocales sur la feuille de musique a apparemment été introduite par le père Tápis pendant son séjour à San Juan. Deux de ses livres de chorale écrits à la main sont exposés au musée. C’est dans le cadre agréable de San Juan Bautista que le vieux franciscain a passé la dernière partie de ses 71 ans. Il fut largement pleuré à sa mort en 1825. Le Padre Esteban Tapis, qui a également fondé la Mission Santa Ines, est enterré dans le sanctuaire de l’église.
Le père de la Cuesta a continué à reléguer les affaires de San Juan Bautista jusqu’à ce que la mission passe entre les mains des franciscains zacatèques. C’était un homme énergique et imaginatif, doté d’une formation et d’une éducation plus riches que la majorité de ses confrères. L’un de ses plaisirs était de donner à ses nouveaux enfants des noms empruntés au passé. A ce propos, Alfred Robinson, le marchand de peaux américain qui visita San Juan, raconta que l’endroit regorgeait de « Platos, Ciceros et Alexanders en bas âge ».
Le père de la Cuesta connaissait plus d’une douzaine de langues indiennes et pouvait prononcer ses sermons en sept langues. Pendant son séjour à San Juan Bautista, il a écrit deux ouvrages importants : l’un était un recueil de phrases indiennes, et l’autre une étude exhaustive de la langue Mutsumi qui a été reconnue scientifiquement en 1860. Après que le père de la Cuesta ait confié la direction de la mission à l’arrivée des Zacatecans en 1833, il rejoignit les siens à San Miguel où il resta jusqu’à sa mort en 1840.
Un orgue de barbarie anglais fut acquis en 1826 et ce faiseur de musique à manivelle produisait émerveillement et plaisir pour les néophytes. L’orgue de barbarie anglais à manivelle de la mission est une source de nombreuses histoires et légendes. Il a fait son chemin de Monterey à la mission à la fin des années 1820. Il a très probablement été offert au père Lasuen par l’explorateur britannique Vancouver. L’orgue a été fabriqué à Londres et mesure plus de 1,5 mètre de haut, 2 mètres de large et 18 pouces de profondeur. Il contient 17 tuyaux en bois et 29 tuyaux en métal qui sonnent lorsqu’on tourne la manivelle. Un certain nombre de légendes se sont développées autour de cet orgue, dont l’une lui confère des pouvoirs inhabituels et le lie à la fondation de la mission.
L’orgue est une chose étrange à avoir dans une église, cependant. On rapporte que ses airs comprennent « Go to the Devil, Spanish Waltz, College Hornpipe et Lady Campbell’s Reel », des airs plus connus des marins tapageurs que des pères pieux.
L’histoire la plus intéressante concernant l’orgue de Barbarie est rapportée dans The California Missions du Sunset Magazine : A Pictorial History : « Parmi les nombreuses histoires concernant cet orgue de barbarie, l’une des meilleures montre son pouvoir presque hypnotique sur les sauvages enfantins. Un jour, une tribu d’Indiens Tulare en guerre s’est abattue sur la mission, et les néophytes se sont mis à l’abri. Heureusement, le padre a gardé son esprit. Il a sorti l’orgue à main et a commencé à jouer. Les néophytes ont compris et ont commencé à chanter avec la musique à tue-tête, avec pour résultat que leurs ennemis étaient tellement envoûtés qu’ils ont déposé leurs armes et demandé plus de musique, demandant même à rester pour pouvoir en profiter tout le temps. »
La mission a reçu un afflux de population au cours de l’année 1824 en provenance de la vallée de Tulare, tout à fait probablement en raison des expéditions agressives dans les territoires intérieurs par les militaires à cette époque. La population avait atteint un pic en 1823, avec 641 résidents masculins et 607 féminins. Un total de 22 habitations en adobe pour les Indiens avaient été construites cette année-là (la plupart d’entre eux vivaient évidemment dans des maisons en tule ou dans les rancherias voisines), et des rapports faisaient état de corrals en adobe, d’un grenier, d’un four et de salles de tissage restaurés avec la nouvelle main-d’œuvre importante. Les padres ont rapporté que les salaires versés aux Indiens pour des services qualifiés comprenaient 4 réaux par jour (0,50 $) pour les bûcherons, 3 réaux (0,375 $) pour les scieurs et 1,5 réal (0,1875 $) pour les ouvriers.
Le rapport de 1827 déposé au gouverneur énumère le bétail de la mission et les terres de rancho. Au sud-est et au nord-est de la mission, sur des collines basses et des plaines, les Indiens gardaient 6 500 têtes de bétail, 502 juments, 250 chevaux apprivoisés et brisés, et 37 mules. À l’est, ils entretenaient un ranch pour les moutons de la mission. Au nord-est, un rancho était entretenu pour le bétail de la mission. Au nord-nord-est, un autre rancho était entretenu, où le bétail paissait dans de petites plaines et de basses collines près des sources. Aucune irrigation n’était pratiquée sur aucun de ces ranchos de mission. Au nord-nord-est, à trois lieues de la mission et d’El Camino Real, la mission possédait un rancho pour les moutons avec des pâturages sur les flancs de hautes montagnes. Au centre de ces montagnes se trouvaient des dépôts de poix et de soufre, ainsi que des sources chaudes et froides sulfureuses. Les pâturages étaient arrosés par le trop-plein du Rio de Pajaro. Il n’y avait plus de terres de la mission dans cette direction car les Espagnols avaient concédé deux grandes parcelles, le Rancho de las Animas (au sud de la vallée de Santa Clara) et le Rancho de Solis. La mission obtenait également du bon bois dans cette région. A l’ouest-nord-ouest se trouvait un rancho pour les moutons, à trois lieues de la mission, en bordure du Rancho de Aro. Immédiatement à l’ouest de ces terres se trouvaient les ranchos d’Antonio Castro (Pajaro) et les Picos et Vallejos, avec les sources de Brea du Pajaro courant vers eux. Au sud-ouest se trouvait le rancho San Miguel, ou Los Espinosas. Au sud-sud-est se trouvait le ranch à moutons de Natividad, ainsi que la concession espagnole de Butron et les ranchs Alviso, Alisal et Sausal, tous situés sur un petit arroyo. Au sud de la mission se trouvait la grande élévation de Gavilan, d’où coulaient des sources pour irriguer les jardins, le vignoble et le champ de maïs de la mission.
Les registres paroissiaux recensent 42 tribus indiennes appartenant à la mission San Juan Bautista, parlant vingt-neuf dialectes et treize langues différentes. Ils étaient amicaux envers les pères et ont aidé à construire la mission et à travailler dans les champs.
Marjorie Pierce rapporte dans son livre East of the Gabilans : Les ranchs, les villes, les gens – hier et aujourd’hui : « Les Indiens étaient très friands de musique et de chants et ont conservé certains de leurs airs païens, certains tristes et d’autres gais, selon les circonstances. Ils avaient leurs propres instruments de musique pour les occasions non religieuses, comme des bâtons sur une boule creuse contenant de petits cailloux, et des sifflets faits d’os d’oie ou de cerf. Ils se paraient parfois de plumes et se peignaient le corps, et, tout en cabriolant en rond, poussaient des cris et des hurlements. »
Selon le MISSION RECORD OF THE CALIFORNIA INDIANS (1811), traduit par Alfred. L. Kroeber : » La mission de San Juan Bautista est la plus éloignée à l’intérieur des terres de celles qui se trouvent en territoire costaricien. Le dialecte de San Juan Bautista, nommé Mutsun d’après un village proche de la mission, est connu par une grammaire et un livre de phrases préparés par le père Felipe Arroyo de la Cuesta, qui est probablement l’auteur des réponses suivantes, car il était à San Juan Bautista au moment où le rapport a été demandé. »
Plus de 4 000 indigènes sont enterrés dans le cimetière de la mission, à côté du mur nord-est de l’église de la mission Les Indiens étaient enterrés dans leurs couvertures, sans cercueil.
Comme la plupart des autres missions, San Juan Bautista a planté des cultures de blé et de maïs. Ils ont également élevé des raisins, des bovins et des moutons. Leurs produits agricoles ont soutenu la communauté de la mission et les Indiens voisins et il a été utilisé pour le commerce. En fait, un centre commercial florissant pour les peaux, le suif et les produits agricoles a vu le jour autour de la mission.