Le 28 juillet 1980, Favara a été enlevé et a disparu. Selon le Federal Bureau of Investigation (FBI), avant que Favara et sa famille ne puissent se déplacer, il a été poussé dans une camionnette par plusieurs hommes près de son lieu de travail. Plusieurs témoins de l’enlèvement ont déclaré qu’il avait été battu avec une batte de base-ball, abattu avec un pistolet silencieux de calibre 22, ou les deux. Les récits diffèrent sur ce qui a été fait du corps de Favara. Un récit dit que, de son vivant, Favara a été démembré avec une tronçonneuse, fourré dans un baril rempli de béton et jeté dans l’océan, ou enterré quelque part sur le terrain d’un chop shop.
Après l’enlèvement, la femme et les deux fils de Favara ont déménagé de Howard Beach ; Favara a été déclaré légalement mort en 1983. En novembre 2004, des informateurs ont conduit le Federal Bureau of Investigation (FBI) à fouiller un parking à New York soupçonné d’être un cimetière de la mafia et le site du corps de Favara. Alors que deux corps ont été trouvés, celui de Favara n’en faisait pas partie.
Gotti est largement supposé avoir ordonné le meurtre malgré son départ en vacances avec sa famille pour la Floride trois jours avant le meurtre. Interrogé par deux détectives sur la disparition de Favara, Gotti a déclaré : « Je ne suis pas désolé que le gars ait disparu. Je ne serais pas désolé si le gars se retrouvait mort. »
Auparavant, les procureurs pensaient que les restes de Favara avaient été fourrés dans un baril de béton et jetés d’une jetée de Sheepshead Bay, mais les documents du tribunal fédéral de Brooklyn déposés par les procureurs fédéraux la semaine du 5 janvier 2009 contiennent des allégations selon lesquelles le tueur à gages de la mafia Charles Carneglia a tué Favara et s’est débarrassé de son corps dans de l’acide.